Diante da negativa do desembargador federal João Pedro Gebran Neto de esclarecer sua relação com o juiz Sérgio Moro, os advogados do ex-Presidente Luiz Inácio Lula da Silva ingressaram em 18/10/2016 com exceção de suspeição com base no disposto no art. 254, I, do CPP, que define como suspeito o juiz que mantém “amizade íntima” com a parte. Moro é parte nos procedimentos que serão julgados por Gebran. Em razão disso, a possível amizade íntima entre ambos deve motivar o reconhecimento da suspeição de Gebran. Na exceção de suspeição os advogados de Lula arrolaram 6 testemunhas para demonstrar a amizade íntima entre Moro e Gebran. No dia 19/10/2016, os advogados de Lula protocolaram nova petição na exceção de suspeição juntando parte de um livro de autoria do desembargador federal Gebran (A Aplicação Imediata dos Direitos e Garantias Individuais), no qual ele reconhece uma crescente amizade e afinidade, confirmando, pois, os fundamentos da medida.